最近小编看完一遍麦类基因组文章，不是Nature就是Science，就连发在NSC子刊上的都少之又少！小编大吼一声，是时候总结探讨一波了！

图：某发育中的麦

（某美女亲自外拍所得，这技术杠杠的！透露一下HUAWEINOVA系列）

（猜猜是哪种麦？猜中有奖！）

还记得大明湖畔的大麦吗？记得当时小编牛逼哄哄的说到，大麦Nature系列不会终止下去，因为不是纯三装的，组装指标可提升空间还是特别大的。经过一年的时间，小编亲身经历了多个纯三麦类基因组的组装工作后，事实终于印证了小编心中的猜想，麦类基因组contigNMb再也不是梦！

究其原因，麦类基因组都属于高重复的超大复杂基因组，三代以前的技术基本上很难装的很好。为什么?其实很简单，因为三代很长，能跨越绝大部分的转座子重复区域。近期小编了解到，Pacbio平台在升级了2.1的酶和试剂后，单个Cell平均的subreads最高能达到18Kb以上，subreadN50能够达到27.7Kb，而酶的读长最长平均读长能到23.2Kb，N50一度达到了37.7Kb。有证据如下，具体见截图。

而绝大部分转座子的读长小于10Kb,如此长的读长使得subreads轻松跨越重复区域。而且懂纯三组装的小伙伴都知道，三代原始数据纠错完成后，实际在组装时用的是更长的subreads，远高于平均subreads读长，所以常规重复不再是麦类基因组组装中遇到的难题。当然遇到一些超长的大片段重复，光靠三代组装也很难解决。说到长，去年小编在山羊基因组的解读中还提到了Nanopore的技术。Nanopore的读长真的很长，最长reads能达到Mb，当然错误率也高，目前还面临产量不稳定等问题，相信后续新的平台(PromethION)上会有改善和提升。

对于组装，这些发表的麦类基因组中用到了哪些技术手段呢？一共包括了BAC+Illumina+Pacbio+GeneticMap+OpticalMap+HIC。如果所有技术都来一遍，相信小编一定能整出一个完美基因组，毕竟小编在多个物种中已经完成了组装contigNMb的跨越。不太具体的包括某昆虫(contigN7.93Mb)，某哺乳动物(contigN7.1Mb)，某禾本科(contigN.8Mb)，某蔷薇科(contigN.7Mb)，某水生动物(contigN.01Mb)，某豆科(contigN.79Mb)，某麦类(contigN.1Mb)…是不是实力秀了一波？这里面可没有双单被体材料哦！当然除了二倍体，小编还经历了三倍体，异源同源四倍体，六倍体，八倍体的组装。透露一下，八倍体的contigN50也达到了1Mb。~~~是不是走题了，小编有点停不下来的节奏~~~

好的，回归主题。小编的意思是，希望所有麦类基因组未来也能来到contigN50Mb级别的的跨越。毕竟组装太差了，后面大家都不好意思用了。放眼当前，如何达到最强组装指标？小编推荐：IlluminaPE+Pacbio+Nanopore+GeneticMap+OpticalMap+HIC。

简单解释一下用途：IlluminaPEreads用来Polish纠错；Pacbio：用来做主体组装；Nanopore：UltralongReads用来延伸contig/scaffold；OpticalMap：用来延伸scaffold/验证组装；HIC：用来挂载染色体/基因组纠错/验证组装/互作；GeneticMap:用来验证HIC/挂载/定位。如有见解不同，小编欢迎沟通！标红的是小编认为的必选项，其它为可选项。两者比起来，就是95分和98分的区别。不要问小编分是怎么算出来的，小编回答：经验！！

怀念一下当时的大麦组装结果(contigNKb)，YY下一篇麦类Nature(ContigNMb)，为麦类基因组操碎心的小编是不是应该榜上有名—某年某月某日，某麦于Nature杂志封面发表！

那已经发表的麦类基因组有哪些呢？小编总结如下，漏掉的麻烦各位读友补充哦！

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